东部地区许多苗族与瑶族共同崇拜盘瓠（一种神犬）。他们世代传说着“神母犬父”的故事，把盘瓠视为自己的始祖。中部地区一些苗族认为他们的始祖姜央起源于枫木树心，因而把枫树视为图腾。另有一些地区的苗族以水牛、竹子等为自己的图腾崇拜对象。普遍地，祖先崇拜在苗族社会中占有十分重要的位置。他们认为祖先虽然死去，其灵魂却永远与子孙同在，逢年过节必以酒肉供奉，甚至日常饮食也要随时敬奉祖先。许多地区定期或不定期地举行祭祖盛典，在湘西有“敲棒棒猪”、“椎牛祭祖”，黔东南有“吃牯脏”，黔中地区叫“敲巴郎”，黔西北、滇东北有打老牛习俗。其中，黔东南的吃牯脏至今盛行不衰，最为典型。吃牯脏亦称祭鼓节、鼓社节、鼓藏（牯脏）节，以宗族（鼓社）为单位，每七年或十三年举行一次。他们认为祖先的灵魂寄居中在木鼓里，祭鼓就是敲击木鼓召唤祖先的灵魂来享用儿孙的供品。主祭者称为牯脏头，祭品牯脏牛是专门为此而饲养的。每届祭祀活动前后延续三年之久。
大多数苗族人虔信巫术。主要的巫术活动有过阴、占卜、神明裁判、祭鬼等，此外还有蛊术等。巫术活动由巫师主持。巫师大多是非职业化的。他们在前述各种原生性崇拜和巫术活动中起着主持者的角色，有的地方巫师还兼任寨老。巫师除了熟悉祭祀方法外，大多还能讲述本宗支的谱系、本民族重大历史事件和迁徙来源的路线，熟悉各种神话传说、古歌古词和民间故事，有的巫师还兼有歌师和舞师的职能。所以说，巫师是苗族传统文化的重要的传承人，在苗族社会中充任知识分子的角色。此外，巫师还掌握一定的医术，懂得一些草药，在为人驱鬼的同时，辅以科学的医药手段。
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